Ο ίδιος έχοντας αυξημένη την ευαισθησία του για την Μακεδονία καταδίωξε το 1944 τα δύο τάγματα των Σλαβομακεδόνων που αυτονομήθηκαν από τον ΕΛΑΣ. Ο Ε. Μπακιρτζής ήταν μια αντιφατική και πολυσύνθετη προσωπικότητα και συμμετείχε σχεδόν σε όλα τα κινήματα του Μεσοπολέμου. Καταδικάστηκε για αυτή τη δράση του δύο φορές σε θάνατο, αλλά η ποινή του στη συνέχεια εξέπεσε. Εξόριστος ων, ο Μεταξάς το 1937, του ζήτησε να στρατευθεί στο πλευρό του προσφέροντάς του υψηλή επιτελική θέση, αλλά αυτός αρνήθηκε. Τότε του έδωσε τη δυνατότητα να εγκαταλείψει την Ελλάδα και αυτός μετέβη στο Βουκουρέστι, όπου τον συντηρούσε ο ευκατάστατος σύζυγος της αδερφής του.
Η Κατοχή τον βρήκε στην Ελλάδα να έχει στενές επαφές με τους Βρετανούς και να στρατεύεται αρχικά σε διάφορες μικρές οργανώσεις του αστικού χώρου. Ήταν στη συνέχεια από τα ιδρυτικά στελέχη της ΕΚΚΑ του Δημήτρη Ψαρρού, επίσης απότακτου του 1935. Κάπου στα 1943 με επιστολή του στον Λαγγουράνη δήλωσε την αποχώρησή του από την ΕΚΚΑ, για να προσχωρήσει μετά στον ΕΛΑΣ. Αλλά πριν φτάσουμε σε αυτό το χρονικό σημείο—καμπή για την πορεία του Μπακιρτζή, ας δούμε ποια ήταν η πολιτική του ΚΚΕ το 1942 και το 1943 κυρίως στα ζητήματα των συμμαχιών.
Στις 30 Μαρτίου 1942 υπογράφηκε από την πλειονότητα των πολιτικών προσωπικοτήτων της εποχής το λεγόμενο «αντιμοναρχικό πρωτόκολλο». Οι υπογράψαντες πολιτικοί δήλωσαν πως «θα λάβουν ανεπιφύλακτον θέσιν υπέρ της αβασιλεύτου Δημοκρατίας εν τη πεποιθήσει ότι τοιουτοτρόπως συντελούν εις την παγίωσιν της γαλήνης εν τη χώρα…». Το πρωτόκολλο υπέγραψαν μεταξύ άλλων ο Θ. Σοφούλης, οι τρείς εκ της τετραμελούς ηγεσίας του Λαϊκού Κόμματος—δεν υπέγραψε ο Κ. Τσαλδάρης—ο Γ. Παπανδρέου, ο Γ. Καφαντάρης, ο Ι. Σοφιανόπουλος και ο Α. Μυλωνάς. Ο Π. Κανελλόπουλος αρνήθηκε.
Αρνήθηκε όμως και το ΚΚΕ με το σκεπτικό πως στον αντιστασιακό—αντιφασιστικό αγώνα χωράνε όλοι, και οι βασιλόφρονες. Μάλιστα, ο Λευτέρης Αποστόλου, από τα ιδρυτικά μέλη του ΕΑΜ, βεβαιώνει στο περιοδικό Αντί (τεύχος 194) πως ο Γονατάς ζήτησε να προσχωρήσει στο ΕΑΜ υπό έναν όρο: να ταχθεί το ΕΑΜ υπέρ της αβασίλευτης δημοκρατίας, των βασιλοφρόνων αποκλειομένων από την αντιστασιακή οργάνωση. Το ΚΚΕ απέρριψε τη συνεργασία με τον Γονατά με το προαναφερθέν σκεπτικό τού όσο το δυνατόν ευρύτερου μετώπου.
Στις αρχές του 1943 η ηγεσία του ΚΚΕ αντιμετώπιζε προβλήματα στη στελέχωση του ΕΛΑΣ με αξιωματικούς που προέρχονταν από τις τάξεις του Εθνικού Στρατού. Συγχρόνως, οι βιαίως στρατολογηθέντες αξιωματικοί από το σώμα των αποτάκτων του 1935 πίεζαν το Κόμμα να προσχωρήσει στο αντιμοναρχικό πρωτόκολλο ώστε να είναι ευκολότερη η προσέγγιση του ΕΛΑΣ με τους απότακτους των οποίων ο αριθμός προσέγγιζε τους 1300 αξιωματικούς. Έτσι η ηγεσία του ΚΚΕ, μόλις δύο μήνες μετά την προσχώρηση του Στέφανου Σαράφη στον ΕΛΑΣ, υπέγραψε το πρωτόκολλο (24/6/1943), ενώ συγχρόνως ξεκίνησε η εκκαθάριση της Πελοποννήσου από τις αντιστασιακές οργανώσεις που στελέχωναν αξιωματικοί του Εθνικού Στρατού.
Μέσα σε αυτό το κλίμα προσχωρεί και ο Ε. Μπακιρτζής στον ΕΛΑΣ. Αμέσως η ηγεσία του τού προσφέρει επιτελική θέση, ενώ στη συνέχεια γίνεται προσωρινός πρόεδρος της ΠΕΕΑ, της επονομαζόμενης κυβέρνησης του βουνού. Το καλοκαίρι του 1944 καταδιώκει τα δύο τάγματα των Σλαβομακεδόνων, ενώ αναλαμβάνει την ηγεσία των Ομάδων Μεραρχιών Μακεδονίας (ΟΜΜ) του ΕΛΑΣ και παραβιάζοντας τη Συμφωνία της Καζέρτας εισέρχεται στη Θεσσαλονίκη. Κατά την περίοδο της Εαμοκρατίας τάχθηκε κατά της σύγκρουσης με τις στρατωνισμένες βρετανικές δυνάμεις στο Καραμπουρνάκι, που ήταν άλλωστε και η γραμμή του Κόμματος.
Μετά την ήττα στη μάχη της Αθήνας ήταν της άποψης, μαζί με τον Βαφειάδη, πως οι ΟΜΜ μπορούσαν να συνεχίσουν τον αγώνα στη Μακεδονία, αλλά μέσα σε λίγες μέρες αντιλήφθηκαν το μάταιο της προσπάθειας και συνέβαλαν στην ομαλή εφαρμογή της ανακωχής. Αποχώρησε από τη Θεσσαλονίκη, με προορισμό τη Βέροια, στις 17 Ιανουαρίου 1945.
Μυστηριώδης ήταν ο θάνατός του. Αυτοκτόνησε ή τον δολοφόνησαν; Και αν επρόκειτο για δολοφονία ποιος ήταν ο δράστης; Ο Ε. Μπακιρτζής είχε την τύχη των περισσότερων αξιωματικών του ΕΛΑΣ. Τον Σεπτέμβριο του 1946 εξορίστηκε στην Ικαρία και λίγο αργότερα στους Φούρνους. Εκεί με ένα πιστόλι έδωσε τέλος στη ζωή του στις 10 Μαΐου 1947.
Εδώ επάνω πλέχτηκαν πολλά σενάρια, ανάλογα με την πολιτική τοποθέτηση των σεναριογράφων. Το ζήτημα ανακίνησε ο Κρις Γουντχάουζ όταν έγραψε πως ο Μπακιρτζής ήταν «ένας πρώτης τάξεως πράκτορας των Άγγλων». Είναι γεγονός πως στρατιωτική συνεργασία υπήρξε, ήταν ιδρυτής της κατασκοπευτικής ομάδας «Προμηθέας», όμως πολιτική ταύτιση δεν προκύπτει από πουθενά. Πάντως όταν του προτάθηκε να ενταχθεί στο ΚΚΕ, το 1946, αρνήθηκε λέγοντας πως «οι αποτελούντες την ηγεσίαν του ΚΚΕ, και δεν τους παρεξηγώ, είναι άνθρωποι όχι ευρείας αντιλήψεως...». Σημειωτέον, πως η αδερφή του υπέβαλε μήνυση «επί φόνω κατ΄αγνώστων».
Μαζί με τον Στέφανο Σαράφη υπήρξε από τις προσωπικότητες που έδωσαν κύρος στον ΕΛΑΣ και αυτό μάλλον ενισχύει τις ευθύνες τους για τα όσα διέπραξαν οι υφιστάμενοί τους.
Για τις ανάγκες του κειμένου συμβουλεύτηκα το βιβλίο του Νίκου Μάργαρη, «Ευριπίδης Μπακιρτζής» εκδ. ΕΠΙΚΑΙΡΟΤΗΤΑ, 1981.
