Φυσικά η Αριστερά ουδόλως τον συμπαθεί και είναι αυτό εύλογο, διότι υπήρξε απηνής διώκτης της κυρίως την περίοδο του εμφυλίου πολέμου. Ο Ν. Μουσχουντής είχε ένα χαρακτηριστικό: Ήταν ανεπιτήδευτα λαϊκός τύπος αν και προερχόταν από εύπορη οικογένεια. Σύχναζε σε κουτούκια και σε ταβέρνες σε όλο τον βίο του, πλην της περιόδου της Εαμοκρατίας όταν και κρυβόταν για ευνόητους λόγους. Αποτελούσε μόνιμο στόχο της ΟΠΛΑ. Λάτρης του ρεμπέτικου και του λαϊκού τραγουδιού νύμφευσε τον Βασίλη Τσιτσάνη το 1942 στη Θεσσαλονίκη και αυτή η κουμπαριά τούς ένωσε μέχρι την ημέρα του πρόωρου θανάτου του. Λέγεται πως είχε μια συλλογή 5000 δίσκων γραμμοφώνου που χάθηκε, όταν λεηλατήθηκε το σπίτι του από τους Ελασίτες τον Νοέμβριο του 1944. Για τον Μουσχουντή είχε μιλήσει με τα καλύτερα λόγια ο Ηλίας Πετρόπουλος αναφέροντας πως αυτός «πάντα προστάτευε τους κυνηγημένους μπουζουξήδες». Αυτή η αμεσότητά του και οι προσωπικές σχέσεις που είχε με πολίτες κάθε κοινωνικής τάξης τον έκανε τόσο δημοφιλή.
Όμως η πλειοψηφία της κοινωνίας της Θεσσαλονίκης βρήκε στο πρόσωπό του τον διώκτη όλων αυτών που έστρεψαν τα όπλα κατά της πατρίδας τους. Από τα τέλη της δεκαετίας του 1930 είχε στήσει έναν μηχανισμό δίωξης των κομμουνιστών στον οποίον συμμετείχαν οι: Κoφίτσας, Μπεζεντάκος, Αναγνωστόπουλος, Χατζής, Πολυχρονόπουλος και μερικοί ακόμα βαθμοφόροι, μηχανισμός που αποδείχθηκε ιδιαίτερα αποτελεσματικός. Δεν είναι τυχαίο πως ο Κoφίτσας δολοφονήθηκε από τη Στενή Αυτοάμυνα τον Οκτώβριο 1946 και οι άλλοι τέσσερις δολοφονήθηκαν στην Αρδέα, στο στρατόπεδο συγκέντρωσης του ΕΛΑΣ, στις 18 Φεβρουαρίου 1945, ενώ είχε υπογραφεί η Συμφωνία της Βάρκιζας. Και οι πέντε γνώριζαν πολλά για τα εσωτερικά του ΚΚΕ, ήταν χειριστές πρωτοκλασάτων στελεχών του και δεν έπρεπε να ζήσουν.
Ο Μουσχουντής για να ανταπεξέλθει στο βασικό του καθήκον που εκείνη των εποχή ήταν η εξάρθρωση των κομμουνιστικών οργανώσεων—έργο δύσκολο λόγω των αυστηρών κανόνων συνωμοτικότητας που τηρούσαν τα μέλη του Κόμματος—ήρε την τοπική δικαιοδοσία μεταξύ των παραρτημάτων Γενικής Ασφάλειας. Έτσι, το δίκτυο της οικονομικής ενίσχυσης του ΚΚΕ το εξάρθρωσε το παράρτημα της Ασφάλειας της Καλαμαριάς κάνοντας παρακολουθήσεις και συλλήψεις στην περιοχή των Λαδάδικων. Σε άλλες εποχές θα ξεσπούσε ο γνωστός εσωτερικός πόλεμος των κρατικών μηχανισμών.
Επίσης, όπως σημειώνει ο Γεώργιος Μόδης στο βιβλίο του «Τέσσαρες δίκες στη Θεσσαλονίκη», ο Μουσχουντής ήταν σταθερά κατά της άσκησης βίας για την απόσπαση πληροφοριών. Πίστευε πως ο συλληφθείς για να γλιτώσει από το ξύλο θα επινοούσε ιστορίες, αποπροσανατολίζοντας τις έρευνες. Το βασικό ανακριτικό του όπλο ήταν η υπόσχεση για το μέλλον του ανακρινόμενου και η άμεση βελτίωση των συνθηκών κράτησης. Έτσι, όσοι συνεργαζόταν και έδιναν σημαντικές πληροφορίες, όσο υψηλή και αν ήταν η θέση τους στον κομματικό μηχανισμό, δεν εκτελούνταν. Ακόμα και ο υπεύθυνος της Μαζικής Λαϊκής Αυτοάμυνας, ο Γ. Παπαθανασίου, ενώ είχε καταδικαστεί σε θάνατο από το Έκτακτο Στρατοδικείο, τελικά μετά από παρέμβαση του Διευθυντή της Αστυνομίας Θεσσαλονίκης Ξανθόπουλου στον Σωματάρχη του Γ΄Σ.Σ, η ποινή του δεν εκτελέστηκε και μεταφέρθηκε στις φυλακές της Κέρκυρας. Κατά την ανάκριση είχε «δώσει» όλη την οργάνωση.
Ο Μουσχουντής, διοικητής της Γενικής Ασφάλειας από το 1946, προσάρμοζε τις δράσεις της ανάλογα τόσο με το γενικότερο πολιτικό πλαίσιο όσο και με τα δεδομένα της Θεσσαλονίκης. Το ΚΚΕ ήταν νόμιμο όλο το 1947, αλλά στη Θεσσαλονίκη το αντάρτικο πόλης της Στενής Αυτοάμυνας είχε σκληρύνει τη στάση των διωκτικών αρχών, ιδίως μετά τη δολοφονία των αεροπόρων. (30 Απριλίου 1947). Από τα μέσα του 1948, η Γενική Ασφάλεια, καθώς είχε εξαρθρώσει σχεδόν όλον τον μηχανισμό του ΚΚΕ, καταδίωκε όχι τα «μικρά ψάρια», αλλά τις κεφαλές που ερχόταν από την Αθήνα και το βουνό για να ανασυγκροτήσουν τον διαλυμένο μηχανισμό. Σε μια τέτοια ενέδρα στην Άνω Πόλη συνέλαβε τον Ιανουάριο του 1949 τον Αρίστο Βασιλειάδη, μέλος της Κ.Ε. του ΚΚΕ. Πέρασε από το Έκτακτο Στρατοδικείο και εκτελέστηκε αμέσως.
Τον Μουσχουντή τον βαρύνει η υπόθεση του Τζορτζ Πολκ. Την χειρίστηκε προσωπικά, ο ίδιος ο Γρηγόρης Στακτόπουλος τον κατηγόρησε ότι τον βασάνισε για να του αποσπάσει ομολογία, ο δε Μουσχουντής στο φιλικό του περιβάλλον δήλωνε ότι ο Στακτόπουλος είχε σίγουρα ανάμιξη και γνώριζε πολλά. Το δακτυλικό αποτύπωμα της μητέρας του Στακτόπουλου στον φάκελο με τον οποίο έφτασε η ταυτότητα του Πολκ στην Αστυνομία αποτελούσε, κατά τον Μουσχουντή, αδιάσειστο τεκμήριο ενοχής.
Ο Ν. Μουσχουντής πέθανε ξαφνικά στις 16 Μαρτίου 1958 σε ηλικία 52 χρόνων. Η κηδεία του ήταν πάνδημη, την παρακολούθησαν πάνω από 30.000 Θεσσαλονικείς και ετάφη στα κοιμητήρια της Ευαγγελίστριας στο πρώτο μνήμα, στα δεξιά του κεντρικού διαδρόμου. Υπάρχει πλατεία με το όνομά του στην περιοχή της παλιάς Λαχαναγοράς.
